Esta funcionalidad está disponible desde la versión 2.1 del plugin Load Them All, y funciona para versiones de QGIS iguales o superiores a la 2.0. A continuación un pequeño ejemplo.

Sunpongamos que tenemos capas Shapefile en nuestro disco duro, dispuestas de la siguiente forma:

Si queremos que esa estructura de carpetas se refleje en la Tabla de Contenido de QGIS, usamos el plugin Load Them All, vamos a la pestaña de configuración del plugin y activamos la opción "Create groups based on directories' names":

Luego definimos la ruta de los datos y el formato (Shapefile), así:

Al dar click en Aceptar (u Ok), veremos las capas cargadas en QGIS, dispuestas en grupos que representan los directorios:

Load Them All también puede ser usado para aplicar filtros alfanuméricos o geométricos sobre los datos a cargar, de tal forma que podemos cargar solamente las capas que contengan una cadena de texto determinada, o solo las capas con geometría tipo línea, así:

Lo que daría el siguiente resultado:

Para más información sobre el plugin Load Them All, dar click en este enlace.