Hola Jorge
La configuración de la plantilla de pmapper 4.0 lo puedes encontrar en este link
svn.pmapper.net/trac/wiki/DocManual
Basicamente los cambios se realizan en la subcarpeta config, en esta carpeta encuentras:
->Archivo config_default.xml (define las busquedas, lenguaje, nombre de las capas activas, archivo *.map)
->Subcarpeta default: Se encuentra el archivo *.map, es el corazon de la aplicación en esta especificas las capas que deseas visualizar, la simbologia, la escala, el nombre, entre otras.
Espero te ayude la información, cualquier duda adicional, comentas
Ciao